Ez a történet a valaha élt legerősebb pokémonról szól. Előzmények a Mewtwo eredete c. kisfilmben.

Mikor Mewtwo feléled a klóónozásból, rádöbben, hogy az emberek nem látnak benne mást, mint egy kísérleti alanyt. Szörnyen dühös lesz és lerombolja a laboratóriumot. Mikor végzett a pusztítással elcsodálkozik saját erején. Ő a világ legerősebb Pokémonja. Még Mewnál is erősebb. Ekkor egy helikopter landol a szigeten, és Roger Giovanni, a rakéta csapat főnöke száll ki belőle. Meggyőzi Mewtwo-t, hogy legyenek „partnerek” és Mewtwo attól kezdve szolgálja őt.

Mikor rájön, hogy átverte és kihasználta őt Giovanni, visszatér a szigetre, és  újjá építi a laboratóriumot. Elhatározza, hogy ő lesz a világ ura és megteremt egy olyan fajt, ami erősebb a többinél; a Pokémon klóónokat.  Egy csapat tanítót a szigetére csal, hogy Leklóónozza a pokémonjaikat. Eközben pusztító vihart kavar, hogy eltörölje a földszínéről az embereket. De ekkor megjelenik Mew. Ádáz harc kezdődik, hogy eldőljön a klóónok vagy az eredetiek a jobbak. Az ifjú Pokémon tanító, Ash Ketchum a harcolók közé veti magát, hogy véget vessen a csatának. Mew és Mewtwo támadása egyszerre találja el őt. Kővé dermed, és a Pokémonok abbahagyják a harcot. Minden Pokémon sírni kezd, és a legendás Pokémon könnyek újra élesztik Asht. Mewtwo látta, hogy az ember képes volt barátaiért feláldozni magát. Ezért a Pokémon klóónokkal Elbujdosott, hogy ne zavarják meg a természet rendjét. Ash és barátai emlékezetéből kitörölte a történteket, és egy olyan helyre költözött, ahol a szíve megtanulhatja azt, amit az emberek és a Pokémonok már tudnak.